Obecně je možné říci, že věcná a místní příslušnost státního zastupitelství se řídí věcnou a místní příslušností soudu, ledaže zvláštní právní předpis stanoví jinak.

Místní příslušnost se tak řídí podle § 18 tr. ř. Podle citovaného ustanovení řízení koná soud, v jehož obvodu byl trestný čin spáchán.

Nelze-li místo činu zjistit nebo byl-li čin spáchán v cizině, koná řízení soud, v jehož obvodu obviněný bydlí, pracuje nebo se zdržuje; jestliže se nedají tato místa zjistit nebo jsou mimo území České republiky, koná řízení soud v jehož obvodu čin vyšel najevo.

Věcná příslušnost je upravena § 16 tr. ř. obecně tak, že řízení v prvním stupni koná, jestliže tento zákon nestanoví něco jiného, okresní soud a tím také okresní státní zastupitelství. Krajský soud, a tím i krajské státní zastupitelství pak pouze o těchto trestných činech:

• pokud na ně zákon stanoví trest odnětí svobody, jehož dolní hranice činí nejméně pět let, nebo pokud za ně lze uložit výjimečný trest;
• zabití, vraždy novorozeného dítěte matkou, neoprávněného odebrání tkání a orgánů, nedovoleného nakládání s tkáněmi a orgány, odběru tkáně, orgánu a provedení transplantace za úplatu, nedovoleného nakládání s lidským embryem a lidským genomem, obchodování s lidmi;
• spáchaných prostřednictvím investičních nástrojů, které jsou přijaty k obchodování v obchodním systému nebo o jejichž přijetí k obchodování v obchodním systému bylo požádáno, nebo jejich padělků a napodobenin, pokud jejich zákonným znakem je způsobení značné škody nebo získání značného prospěchu,
• porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže, manipulace s kurzem investičních nástrojů, zneužití informace v obchodním styku, zneužití postavení v obchodním styku, poškození finančních zájmů Evropské unie, porušení předpisů o kontrole vývozu zboží a technologií dvojího užití, porušení povinností při vývozu zboží a technologií dvojího užití, zkreslení údajů a nevedení podkladů ohledně vývozu zboží a technologií dvojího užití, provedení zahraničního obchodu s vojenským materiálem bez povolení nebo licence, porušení povinnosti v souvislosti s vydáním povolení a licence pro zahraniční obchod s vojenským materiálem, zkreslení údajů a nevedení podkladů ohledně zahraničního obchodu s vojenským materiálem, vývoje, výroby a držení zakázaných bojových prostředků;
• účasti na teroristické skupině, financování terorismu, podpory a propagace terorismu, vyhrožování teroristickým trestným činem, sabotáže, zneužití zastupování státu a mezinárodní organizace, vyzvědačství, ohrožení utajované informace, spolupráce s nepřítelem, styků ohrožujících mír, použití zakázaného bojového prostředku a nedovoleného vedení boje, plenění v prostoru válečných operací.

Věcně příslušným k podání obžaloby na trestné činy poškozující finanční zájmy EU je Úřad evropského veřejného žalobce.

Věcná příslušnost vrchního státního zastupitelství pro přípravné řízení trestní je vymezena v § 15 vyhlášky č. 23/1994 Sb., o jednacím řádu státního zastupitelství, zřízení poboček některých státních zastupitelství a podrobnostech o úkonech prováděných právními čekateli. Vrchní státní zastupitelství je příslušné pro některé hospodářské a finanční trestné činy se škodou přesahující 150 milionů Kč, , trestné činy proti míru a válečné trestné činy, teroristické trestné činy a další.